В 1978 г. окончил факультет иностранных языков Коломенского государственного педагогического института. Будучи студентом, параллельно работал на заводе тяжёлых станков, художественным руководителем ДК, учителем иностранных языков в школе.
Всегда занимал активную жизненную позицию - был заместителем секретаря комитета комсомола школы, затем вуза. Во время службы в Советской Армии вступил в партию.
В начале 80-х годов инструктор, а затем заведующий отделом оперативной и оборонно-массовой работы Коломенского горкома ВЛКСМ. При его активном участии комсомольский оперативный отряд стал одним из лучших в Подмосковье.
В 1981 году по путёвке горкома ВЛКСМ был направлен на работу в органы госбезопасности. Окончил школу контрразведки, затем институт им. Андропова, готовивший кадры для внешней разведки страны. Занимал ответственные должности, награжден медалями. Геннадий Гудков - полковник запаса ФСБ.
В 1992 году создал объединение «Оскордъ», которое сегодня является лидером в российской индустрии безопасности. В нём работает около трёх тысяч человек. Почти половина из них - бывшие сотрудники спецслужб, правоохранительных органов, а также уволившиеся в запас из российской армии.
По итогам независимых журналистских опросов в 1998-2000 гг. Геннадий Гудков признан самым авторитетным специалистом в области негосударственной безопасности.
В 1999 году избран вице-президентом Московского международного Фонда содействия ЮНЕСКО, который активно ведёт работу по поддержке российских программ в области культуры, образования, спорта.
18 марта 2001 года одержал победу на довыборах в Государственную думу от Коломенского 106-го округа (Подмосковье), набрав 45% голосов избирателей. По данным ЦИК, Геннадий Гудков стал первым депутатом, избранным в России в третьем тысячелетии.
В Госдуме III созыва вошел в состав депутатской группы «Народный депутат», стал заместителем Председателя Народной партии РФ. Член Комитета Госдумы по безопасности, участник Всероссийского штаба по борьбе с детской беспризорностью, председатель подкомитета по законодательству в сфере охранной и детективной деятельности. В 2003 году снова уверенно победил на парламентских выборах – жители Коломенского избирательного округа вновь доверили ему право представлять интересы Подмосковья в Государственной Думе. В марте 2004 года Геннадий Гудков Президиумом ЦК НПРФ утверждён исполняющим обязанности, а на съезде 17 апреля 2004 года избран председателем Народной партии Российской Федерации. В декабре 2007 вновь избран депутатом Государственной Думы в составе федерального списка кандидатов, выдвинутого Политической партией "СПРАВЕДЛИВАЯ РОССИЯ: РОДИНА/ПЕНСИОНЕРЫ/ЖИЗНЬ". Является заместителем руководителя фракции "СПРАВЕДЛИВАЯ РОССИЯ: РОДИНА/ПЕНСИОНЕРЫ/ЖИЗНЬ", заместителем председателя Комитета ГД по безопасности, членом Комиссии ГД по рассмотрению расходов федерального бюджета, направленных на обеспечение обороны и государственной безопасности РФ, членом Комиссии ГД по законодательному обеспечению противодействия коррупции. Увлекается музыкой (клавишные и баян), занимается спортом, владеет английским и немецким языками, а его домашняя библиотека насчитывает свыше 2,5 тысяч томов. Геннадий Гудков женат. У него два сына - Дмитрий и Владимир, а в 2000 году родилась внучка Настя.