ФСБ обвиняет пятерых управленцев "Саентологической церкви города Санкт-Петербурга" в унижении достоинства нескольких прихожан (п. "в" ч. 2 ст. 282 УК РФ), создании экстремистского сообщества (ч. 1 ст. 282.1 УК РФ) и незаконном предпринимательстве (п. "а" и "б" ч. 2 ст. 171 УК РФ). Как сообщил 18 января Каспаров.Ru правозащитный центр "Мемориал", арестованные в июне 2017 года саентологи признаны политзаключенными.
В 2011 году Щелковский городской суд (Московская область) признал экстремистскими семь трудов основателя саентологии Рона Хаббарда. Суд счел, что цель саентологов — формирование "правильной" социальной группы в противовес всем остальным и расширение ее до пределов всего мира. Даже если это так,
правозащитники не видят в этом экстремизма, потому что данное расширение не предполагает использования насилия.
Приверженцам религии чинят препятствия в регистрации их объединений. Из-за этого Церковь в Петербурге не имела банковского счета, собирала и расходовала средства в частном порядке, откуда и появилось обвинение в незаконном предпринимательстве. Унижение человеческого достоинства следствие видит в вынесении внутренних приказов о недопуске на ряд мероприятий прихожан, нарушивших этику Церкви — их следователи выделили в социальную группу, защищаемую антиэкстремистскими законами.