В отношении Владимира Сисина в 2007 году было возбуждено уголовное дело за превышение должностных полномочий во время исполнения им обязанностей главы администрации Пензы весной 2006 года. Весной 2007 года дело было передано в Ленинский суд Пензы. Сисину грозило десять лет лишения свободы, но обвинение в превышении должностных полномочий было переквалифицировано на более мягкое обвинение в халатности по статье 293 части 1 УК РФ, по которой срок исковой давности составляет один год со дня совершения преступления.
Приговор был вынесен только 4 сентября. Прокурор требовал для Сисина три года лишения свободы условно и лишения права занимать должности в органах государственной власти и местного самоуправления, однако судья назначил наказание в виде штрафа в размере 100 тысяч рублей. Но поскольку приговор был вынесен по истечении срока давности уголовного преследования по халатности, чиновника вообще освободили от какого-либо наказания.
В коридорах городской власти ходят упорные слухи, что Сисин скоро опять вернется на муниципальную службу и займет высокий пост в сфере ЖКХ. Вместе с тем адвокаты настаивают на полной невиновности Сисина и заявили, что намерены обжаловать приговор.
Напомним, что Владимир Сисин временно исполнял обязанности главы города в период с 9 по 17 марта 2006 года. Он подписал ряд постановлений по предоставлению земельных участков хорошо известной в пензенских деловых кругах предпринимательнице без положенного в таких случаях аукциона, что являлось нарушением закона и стало основанием для обвинения.