По словам Александра Вешнякова, федеральный законодатель оставил размер залога на усмотрение региональных депутатов, рассчитывая на их разум. Однако, по его словам, "о какой разумности может идти речь", когда размер залога на региональных выборах установили больше, чем на федеральных.
Поэтому глава ЦИКа предложил вообще освободить зарегистрированные партии от внесения залога или сбора подписей для участия в выборах. По его мнению, это было оправданным, когда в стране существовали сотни партий. Но после того, как два года назад минимальную численность партии увеличили с 10 тысяч до 50 тысяч членов и в России осталось "15 партий или около этого", можно автоматически допускать к участию в выборах все партии, прошедшие регистрацию в Минюсте. Пока что такой льготой пользуются лишь партии–победители выборов в Госдуму.
Прозвучало также предложение снизить проходной барьер с нынешних 7 процентов до 3 процентов, правда, только после декабрьских выборов в Госдуму. Об этом заявил спикер Совета Федерации Сергей Миронов, также назвавший "системными ошибками" отмену минимального порога явки и графы "Против всех". Спикер неожиданно заступился за "Яблоко", в снятии которого с выборов в Петербурге "было больше политики, чем юридических оснований".
Партия "Яблоко" была снята с выборов в Санкт-Петербурге под предлогом того, что по итогам проверки 20 процентов подписей, поданных в поддержку избирательного списка партии, 10,43 процента были признаны недействительными. По закону количество недостоверных подписей не должно превышать 10 процентов. Лидер партии Григорий Явлинский назвал решение не допустить до регистрации избирательный список "Яблока" в Санкт-Петербурге "выполнением политического заказа" и "грубым давлением на оппозицию".
В ряде регионов (Республика Дагестан, Вологодская область, Псковская область, Тюменская область и Московская область) с выборов в местные органы власти также была снята партия СПС. В основном, поводом было неправильное оформление документов. Представители партии утверждали, что на кандидатов в Дагестане и в Вологодской области оказывалось давление, из-за чего они вынуждены были отказаться от участия в выборах. Причем в Дагестане без вести пропал один из кандидатов. В этой связи лидер СПС обратился к президенту Владимиру Путину с предложением исключить из избирательного законодательства норму, которая позволяет отменять регистрацию списка политической партии на выборах всех уровней.
Полномочия действующего состава ЦИКа истекают 26 марта 2007 года. В течение февраля обе палаты Федерального собрания и президент должны делегировать в состав комиссии по пять человек. Александр Вешняков неоднократно заявлял в прессе, что будет выдвигать свою кандидатуру на пост руководителя ЦИКа, если президент назначит его членом нового состава комиссии.