"Новая газета" в специальном выпуске, посвященном журналистке, сделала предположение, что убийство могло быть организовано либо премьером Чечни Рамзаном Кадыровым, либо люди, которые хотели очернить чеченского премьера. Дело в том, что Политковская в последнее время занималась расследованием деятельности чеченских силовых структур и проходила свидетелем в деле о пытках и похищениях в сегодняшней Чечне, одним из подозреваемых в котором является Кадыров. Кроме того, именно в номер от 9 октября Политковская готовила публикацию о происходящем в этой республике, однако окончить ее не успела. Газета публикует только отрывки из ее прошлых публикаций на эту тему.
Оперативники не исключают и версию мести Политковской со стороны милиционеров, осужденных благодаря ее публикациям. В сентябре 2001 года журналистка опубликовала в "Новой газете" статью "Люди исчезающие", рассказывающую о судьбе чеченца Зелимхана Мурдалова, арестованного в Чечне Ханты-Мансийским ОМОНом в начале 2001 года, а затем бесследно исчезнувшего. После этого журналистка по электронной почте стала получать письма с угрозами от некоего "кадета" - сотрудника Ханты-Мансийского ОМОНа Сергея Лапина, непосредственно "работавшего" с Мурдаловым после его задержания. Лапин был арестован и получил 11 лет тюрьмы.
Также в СМИ допускается возможность убийства журналистки с целью политической провокации. Цель - дискредитировать нынешние чеченские власти или создать мощный негативный общественно-политический резонанс: подобные преступления всегда существенно подрывают престиж государства. В этом случае, считают в следственной бригаде, заказ на преступление мог поступить из-за рубежа, пишет издание "Газета".
В этой версии "Российская газета" называет имя Бориса Березовсого. Смерть Политковской ему очень выгодна. Это почти наверняка спровоцирует ропот в России, однозначно вызовет негативную реакцию в мире. И даст повод для критики российской власти за гибель оппозиционного ей журналиста. К тому же Березовский сам или через Закаева вполне мог знать о том, над чем работает Политковская и просто выбрать удобный по датам момент, предполагает издание.
В число версий убийства можно включить и возможную связь с националистическими группировками. Так, Политковская фигурировала в списке "врагов русского народа" и российской государственности". Этот документ был создан в марте 2006 года депутатом от ЛДПР Николаем Курьяновичем. Позднее подобные списки появлялись на сайтах национально-фашистского толка, где содержались прямые призывы к убийству людей, неугодных националистам.
Похороны Политковской состоятся 10 октября на Троекуровском кладбище.
