Ответчиками по данному делу выступали НК "ЮКОС", ЗАО "ЮКОС-ЭП", ООО "ЮКОС-Москва" и основной акционер "ЮКОСа" – кипрская компания Hulley Enterprises Limited.
"Юганскнефтегаз" через суд требовал от "ЮКОСа" компенсировать ошибки в управлении за период с 1999 года по 2003 год в объеме 308 млрд рублей. В частности, "Юганскнефтегаз" потребовал взыскать с НК "ЮКОС", "ЮКОС-Москва" и "ЮКОС-ЭП" компенсацию налоговых претензий за 1999-2003 годы в размере 141 млрд рублей, а также свыше 167 млрд рублей ущерба, якобы понесенного "Юганскнефтегазом" в результате сделок с его имуществом. В июле 2005 года суд удовлетворил ходатайство "Юганскнефтегаза" и увеличил сумму требований по иску о возмещении ущерба от сделок с имуществом "Юганскнефтегаза" до 226,1 млрд рублей.