Представитель правительства, в свою очередь, настаивал на том, что постановление о строительстве, вынесенное 31 декабря 2004 года, являлось "рамочным", и проведение экспертиз по нему было необязательно. Кроме того, ответчик сообщил, что обсуждение окончательного маршрута трубопровода еще не завершено. Суд согласился с доводами представителя правительства, Минприроды и Ростехнадзора.
Согласно первоначальному плану, маршрут нефтепровода ВСТО проходил примерно в 100 км от береговой линии Байкал. Между тем в технико-экономическом обосновании проекта, утвержденном Федеральной службой по экологическому, технологическому и атомному надзору (Ростехнадзор) в марте 2006 года, трасса нефтепровода пролегала в 800 м от озера, что вызвало многочисленные претензии со стороны независимых экологов и общественности. Кроме того, 12 апреля 2006 года Госдума приняла в третьем чтении Водный кодекс, в котором из водоохранной зоны Байкала исключались дельты рек, впадающих в озеро, и территория по вершинам гор, склоны которых примыкают к нему.
26 апреля 2006 года президент Владимир Путин на совещании в Томске поручил президенту "Транснефти" Семену Вайнштоку максимально отдалить маршрут нефтепровода ВСТО от водозаборной зоны Байкала. В настоящее время в соответствии с поручением президента подготовлена и одобрена в трех заинтересованных регионах декларация о намерениях по проекту расширения ВСТО. Как недавно заявил Вайншток, новый маршрут пройдет в 400 км от береговой линии озера. Планируется из Иркутской области выйти сразу в Якутию, не задевая Байкал. Общее удлинение ветки ВСТО, по данным специалистов "Транснефти", составит около 370 км.
Как сообщалось ранее, общественность Якутии выразила возмущение в связи с требованием Путина перенести нефтепровод севернее первоначального маршрута, так как в этом случае возникает серьезная экологическая опасность для реки Лены.
Строительство нефтепровода началось 28 апреля 2006 года. По оценкам АК "Транснефть", сделанным до решения передвинуть нефтепровод к северу от Байкала, общая стоимость проекта составляет порядка 11,5 млрд долларов, из которых около 6,6 млрд долларов - цена первого этапа строительства.