Кроме НБП в список запрещенных на территории России организаций вошли:
1) «Высший военный Маджлисуль шура объединенных сил моджахедов Кавказа»;
2) «Конгресс народов Ичкерии и Дагестана»;
3) «База» («Аль-Каида»);
4) «Асбат аль-Ансар»;
5) «Священная война» («Аль-Джихад» или «Египетский исламский джихад»);
6) «Исламская группа» («Аль-Гамаа аль-Исламия»);
7) «Братья-мусульмане» («Аль-Ихван аль-Муслимун»);
8) Партия исламского освобождения («Хизб ут-Тахрир аль-Ислами»);
9) «Лашкар-И-Тайба»;
10) «Исламская группа» («Джамаат-и-Ислами»);
11) движение «Талибан»;
12) Исламская партия Туркестана (бывшее Исламское движение Узбекистана);
13) «Общество социальных реформ» («Джамият аль-Ислах аль-Иджтимаи»);
14) «Общество возрождения исламского наследия» («Джамият Ихья ат-Тураз аль-Ислами»);
15) «Дом двух святых» («Аль-Харамейн»);
16) «Исламский джихад – Джамаат моджахедов»;
17) «Джунд аш-Шам».
Кроме того, Начиная с 1999 года в ряде регионов были запрещены местные отделения РНЕ. 19 марта 1999 года деятельность столичного отделения РНЕ была запрещена. 22 апреля 1999 года решением суда ликвидирован печатный орган движения газета "Русский порядок". В сентябре 1999 года запрещена деятельность РНЕ в Свердловской области, в октябре 1999 года – в Приморье, в январе 2001 года – в Карелии, в июле 2002 года – в Хабаровском крае, в октябре 2002 года – в Омске.
