С июня 1995 года Генпрокуратура проверяла господина Вавилова на причастность к хищению государственных алмазов и золота на $180 млн американской фирмой Golden ADA. Замглавы Минфина несколько раз допрашивался как свидетель.
12 августа 1998 года арбитражный суд Московского округа по иску Генпрокуратуры признал незаконной передачу в управление Московской области гособлигаций на $656 млн. Суд указал, что соответствующее распоряжение было в 1996 году подписано Андреем Вавиловым в нарушение Гражданского кодекса.
В феврале 1999 года Генпрокуратура обратилась в Мосарбитраж с просьбой отменить заключенную в 1996 году по настоянию Андрея Вавилова бартерную сделку Госкомспорта с сахарными трейдерами "Россахар" и "Межрегион", в результате которой государство недополучило $20 млн. О ходе разбирательства не сообщалось.
28 мая 2001 года Главная военная прокуратура предъявила господину Вавилову обвинение в превышении полномочий на должности замглавы Минфина. Следователи посчитали, что, подписывая в 1995-1997 годах документы на поставку газа на Украину в обмен на стройматериалы для Минобороны, он нанес ущерб государству на $450 млн. 7 декабря 2001 года обвинения были сняты "за отсутствием состава преступления".
13 июня 2002 года генпрокурор Владимир Устинов обратился к Совету Федерации с просьбой не подтверждать полномочия Андрея Вавилова, так как он проходит свидетелем по делу об умышленном банкротстве ОАО "Холдинговая компания 'Усть-Ильимский ЛПК'", но не является на допросы. 26 июня полномочия господина Вавилова были подтверждены.
5 января 2004 года Андрей Вавилов был задержан в аэропорту города Палм-Бич (США) и допрошен по делу экс-премьера Украины Павла Лазаренко. Американских прокуроров интересовала роль последнего в бартерных схемах при поставках
"Коммерсант", 15.01.2007
