Из закона, в частности, исключен пункт о том, что водоохранная зона Байкала проходит по вершинам хребтов, склоны которых примыкают к озеру, и включает в себя дельты рек, впадающих в озеро Байкал. Таким образом, согласно действующему постановлению правительства, природоохранная зона озера Байкал должна составлять около 500 метров.
В целом подписанный документ, по словам представителей пресс-службы, направлен на совершенствование правовых отношений в области пользования водными объектами. В соответствии с кодексом, водные объекты находятся в федеральной собственности. При этом пруды и обводненные карьеры могут принадлежать субъекту, муниципальному образованию, а также физическому или юридическому лицу. Новая редакция Водного кодекса вступает в силу с 1 января 2007 года.
Как сообщалось ранее, ряд депутатов Госдумы выступали против принятия новой редакции кодекса в связи с тем, что некоторые поправки подвергают опасности экологическое состояние озера Байкал. Высказывалось также мнение, что новый закон был принят, в частности, для того, чтобы позволить проводить строительство нефтепровода "Восточная Сибирь - Тихий океан" вблизи озера.
Против этого строительства неоднократно выступали экологические организации. 26 апреля Путин на совещании в Томске поручил президенту "Транснефти" Семену Вайнштоку максимально отдалить маршрут нефтепровода ВСТО от водозаборной зоны Байкала. В то же время общественность Якутии выразила возмущение в связи с требованием Путина, так как перенос маршрута нефтепровода, предложенный президентом, создает серьезную экологическую опасность для реки Лены.