Как уже сообщал Каспаров.Ru, 30 января 2006 года Федеральная регистрационная служба отказала в регистрации, сославшись на отсутствие кворума на учредительном съезде партии, членство в региональных отделениях лиц моложе 18 лет. Кроме того, в программе партии говорится о национальной принадлежности: среди ее целей указана защита прав русского и русскоязычного населения, что также противоречит закону о политических партиях, отметили в службе.
Как заявил пресс-секретарь НБП Александр Аверин, партия выполнила все требования, необходимые для регистрации, в том числе касающиеся численности организации и ее программы. Одним из оснований для отказа было названо то, что НБП оказывает помощь русским националистическим движениям за рубежом.
За последние восемь лет НБП пыталась зарегистрироваться в общей сложности пять раз, однако каждый раз получала отказ. В последний раз партия сдала пакет документов, необходимых для регистрации, 15 декабря 2005 года.